В начале 1990-х сблизился с братьями Фурсенко и Владимиром Путиным. В 1996 году они учредили дачный кооператив «Озеро» рядом с городом Приозерском в Ленинградской области.

В июне 2005 года Ковальчук стал председателем совета директоров и самым крупным акционером банка «Россия». Доля Ковальчука в капитале этого банка, согласно Forbes, составляет 39,8%.

В 2008 году при участии Ковальчука создана «Национальная Медиа Группа», в которую входят «РЕН-ТВ», «Первый канал», «Пятый канал», «Известия» и др. СМИ.

В марте 2014 года «Россия» подпала под санкции США. Чтобы поддержать банк, Владимир Путин открыл в нем счет, на который перечисляется его президентская зарплата.