После окончания МГИМО Усманов вернулся в Узбекистан, где стал старшим референтом ЦК ЛКСМ. В 1980 году вместе с сыном заместителя председателя республиканского КГБ Бахадыром Насымовым и сыном министра сельского хозяйства УзССР Ильхама Шайкова был осужден на восемь лет тюрьмы за мошенничество и хищения. В 1986 году выпущен досрочно. Усманов называл себя и друзей жертвами конфликта между руководством УзССР. Верховный суд Узбекистана в 2000 году признал сфабрикованным уголовное дело против Усманова. До переезда в Москву занимался переводами с арабского, работал в Андиджане патентоведом в лаборатории Института физики Академии наук СССР. Использовал знакомства в МГИМО, чтобы устроиться в Москве на службу во Внешнеэкономической ассоциации Советского комитета защиты мира. В конце 1987 года Усманов создал в городе Раменское Московской области кооператив «Агропласт» по производству полиэтиленовых пакетов. В 1989 году отказался от этого бизнеса из-за роста конкуренции. До 1993 года занимался импортом сигарет. В интервью «Ведомостям» Усманов утверждал, что прекратил торговлю табаком после решения больше не продавать то, что «несет угрозу для здоровья людей». Однако журнал Forbes писал, что его бизнес разорился из-за девальвации рубля. В начале девяностых руководил компанией «Интеркросс», производящей телекоммуникационное оборудование. В 1993 году на выборах в Государственную думу РФ первого созыва вошел в федеральный список блока «Гражданский союз во имя стабильности, справедливости и порядка» под 183-м (предпоследним) номером в качестве единственного представителя Ханты-Мансийской региональной группы. Партия не преодолела избирательный барьер. В 1992 году Усманов был в числе основателей «Первого русского независимого банка» (лицензия отозвана в 1996 году). Это кредитное учреждение в 1993 году стало одним из учредителей МАПО-Банка (Московское авиационное производственное объединение), где в 1994–1995 годах заместителем директора работал Усманов. В январе 1995 года вместе с бизнесменами Андреем Скочем и Львом Кветным основал «Интерфинсервис» («Интерфин»), который занялся скупкой металлургических активов. В частности, приобрел доли в Оскольском электрометаллургическом комбинате (ОЭМК) и Лебединском ГОКе. В 1997 году Усманов решил проблему задолжности ОЭМК и Лебединского ГОКа перед РАО «Газпром». После этого он перешел на работу в газовую корпорацию по приглашению председателя правления Рэма Вяхирева. Занимая должности заместителя гендиректора, а с 2000 года — генерального директора «Газпроминвестхолдинга», Усманов, по данным СМИ, специализировался на урегулировании «плохих долгов». После смены руководства «Газпрома» в 2001 году занялся возвращением ее активов, утраченных в девяностых, в т. ч. «Стройтрансгаза», Южно-Русского месторождения и др. Усманов работал руководителем «Газпроминвестхолдинга» вплоть до октября 2014 года. Параллельно с этим в начале двухтысячных начал консолидировать металлургические активы. В 1999 году Усманов, Скоч и Кветной передали акции Лебединского ГОКа и ОЭМК в ЗАО «Газметалл». В начале 2000-х в состав этой компании вошла «Уральская сталь». В 2004 году был куплен холдинг «Металлоинвест» у Бидзины Иванишвили, через некоторое время возглавившего правительство Грузии. В 2006 году Кветной вышел из этого бизнеса, его долю выкупили Усманов и Скоч. В том же году Усманов приобрел издательский дом «Коммерсант». В 2006–2012 гг. скупал акции сотового оператора «Мегафон». В 2012 году Усманов создал кипрскую компанию USM Holdings («Ю-эс-эм холдингз»), куда вошел ряд телекоммуникационных активов, в том числе Mail.ru Group и «Мегафон». В USM Holdings Усманов — владеет 48% акций, Владимир Скоч (отец Андрея Скоча) — 31% акций, еще 11% принадлежат британско-иранскому бизнесмену Фархаду Мошири. С 2007 года Усманов — совладелец лондонского клуба «Арсенал». С 2008 года — президент Международной федерации фехтования. В 2014–2015 гг. Усманов предоставил Российскому футбольному союзу кредиты на общую сумму более 1 млрд руб. для погашения долга перед главным тренером сборной России Фабио Капелло и для подготовки к чемпионату мира. Известен благотворительной деятельностью. В 2007 году Усманов выкупил с аукциона «Сотбис» за 111,75 млн долларов коллекцию искусства и инструментов Мстислава Растроповича и Галины Вишневской, передав ее в дар российскому государству. В 2013 году приобрел для ГМИИ им. А. С. Пушкина картину «Святой Марк» Франса Хальса, которая была потеряна во время Крымской войны 1853–1856 гг. Является учредителем благотворительного фонда «Искусство, наука, спорт». С 2005 года Алишер Усманов входит в рейтинг миллиардеров мира по версии американского Forbes. В 2012–2014 гг. журнал признавал его богатейшим человеком в России. В рейтинге за 2019 год Усманов занимает 9-е место в России с состоянием 12,6 млрд долларов США. Награжден орденами Почета (2004) и «За заслуги перед Отечеством» IV степени (2013), знаком отличия «За благодеяние» (2016). Отмечен почетной грамотой (2008) и двумя благодарностями президента РФ (2008, 2009). Также награжден орденом «За заслуги перед Итальянской Республикой» (2017). Женат, детей нет. Супруга — Ирина Винер-Усманова, тренер, Герой Труда Российской Федерации (2015), президент Всероссийской федерации художественной гимнастики.