C 1992 по 1998 год Борис Ротенберг был тренером клуба дзюдо «Чикара» в Финляндии. В 2001 году стал генеральным директором общества спортивных единоборств «Отечество» и совместно с Аркадием Ротенбергом выступил учредителем банка «Северный морской путь» (СМП-банк). В 2003 году основал компании «База-торг» и «Поставка», был младшим партнером в компании «Газтагед», осуществлявшей поставку труб для «Газпрома».
В 2008 году Борис и Аркадий Ротенберги приобрели 10% акций Новороссийского морского торгового порта и выкупили у корпорации «Газпром» пять строительных компаний («Ленгазспецстрой», «Волгограднефтемаш», «Спецгазремстрой», «Краснодаргазстрой» и «Волгогаз»), которые были объединены в корпорацию «Стройгазмонтаж».
В 2010 году компании Ротенбергов получили контроль над трейдером «Северный европейский трубный проект», поставляющим трубы «Газпрому». Доля Бориса в СЕТП составила 38,1%. В 2013 году Arena Events Oy, принадлежащая Ротенбергам и Геннадию Тимченко, приобрела многофонукциональный комплекс «Хартвалл Арена» в Финляндии. С 2013 по 2015 год Борис Ротенберг был президентом московского футбольного клуба «Динамо». С января 2018 года является миноритарный акционером компании «Газпром бурение».
В 2014 году Борис Ротенберг был включен в санкционный список США. В отличие от Аркадия Ротенберга, не подпал под санкции ЕС, так как является гражданином Финляндии. Борис Ротенберг занимает 94-е место в
рейтинге 200 богатейших бизнесменов России-2017 по версии Forbes. Его состояние оценивается в 1 млрд долларов.